mysqlcheck -o DB名
これだけです。ドキュメントを読む限り、内部的にcheck table、repair table、analyze table、optimize tableを呼んでいるようです。
「対象はmyisamだけ」みたいなこともどこかで読んだのですが、公式ドキュメントにはそういう記述はなし。4.xの話なのでしょうか。あ、ハセテツは5.0を利用してます。
必要なのはanalyze table、optimize tableだけで、これらはinnodbにも対応しているから特に問題はないでしょう。